Главный герой - Аясэ Юто, обычный паренек, без каких либо особых талантов. Ходит в частную старшую школу, ничем не выделяется из толпы, пока случайно не раскрывает секрет Школьной Принцессы - Харуки Ногидзаки. Это открытие изменяет его жизнь...

Нарушив главный запрет Алхимии и попытавшись воскресить маму, талантливые братья Элрики заплатили высокую цену: младший, Альфонс, потерял тело, и теперь его душа прикреплена к стальным доспехам, а старший, Эдвард, лишился руки и ноги, поэтому ему приходится пользоваться протезами — автобронёй.